Od 1 stycznia 2019 roku – kiedy dokonano „automatycznego” przekształcenia prawa użytkowania wieczystego ustanowionego na cele mieszkaniowe w prawo własności nieruchomości – właściwie cały czas pojawiają się różnego rodzaju problemy prawne związane ze skutkami tej operacji. Do najpowszechniejszych należą spore opóźnienia władz samorządowych w wydawaniu stosownych zaświadczeń, przez co nowi właściciele nie mogą w pełni korzystać ze swoich praw. Nie mniejsze niejasności dotyczą ustalania wysokości opłaty przekształceniowej. Wszystko rozbija się o interpretację art. 7 ustawy o przekształceniu prawa użytkowania wieczystego gruntów zabudowanych na cele mieszkaniowe w prawo własności tych gruntów. Zgodnie z przywołanym przepisem, wysokość opłaty przekształceniowej jest równa wysokości opłaty rocznej z tytułu użytkowania wieczystego, która obowiązywałaby w dniu przekształcenia – a więc przeważnie 1 stycznia 2019 roku. W związku z tym niektóre samorządy – z resztą zgodnie z rządowymi sugestiami – przyjmują, iż opłata należy się w pełnej wysokości, a wiec bez uwzględnienia preferencji, z których korzystał użytkownik wieczysty.
Uzasadnieniem dla takich praktyk ma być przede wszystkim konieczność zbilansowania utraconych w związku z przekształceniem wpływów do budżetów samorządowych. Tymczasem spore koszty takiej wykładni ponoszą przede wszystkim nowi właściciele, na których nakłada się nawet obowiązek dopłacenia do już wniesionych opłat. Wszystko wskazuje na to, że tego rodzaju spory będą rozstrzygane przede wszystkim przez sądy administracyjne. Pierwsze wyroki zapadłe w takich sprawach wskazują, że sądy stają po stronie uwłaszczonych, podnosząc, że w przywołanym powyżej przepisie chodzi o roczną opłatę ustaloną dla konkretnego użytkownika wieczystego. Stąd przy ustalaniu wysokości opłaty przekształceniowej należy brać pod uwagę wszelkie bonifikaty, z jakich użytkownik wieczysty korzystał przed 1 stycznia 2019 roku. Problem jednak polega na tym, że w wielu przypadkach w sądach ciągle toczą się spory dotyczące – formalnie nieobowiązujących, ale mających kluczowe znaczenie dla określenia kosztów przekształcenia – opłat za użytkowanie wieczyste. W przypadku podwyższenia ich wysokości, może okazać się, że nowi właściciele będą zmuszeni dopłacić samorządom. W przypadku braku zgody na takie rozwiązanie, właścicielom przekształconych nieruchomości pozostanie właściwie jedynie wytoczenie sprawy cywilnej.